財政部官員指出，目前未上市（櫃）股票交易所得，已納入最低稅負制中，依所得基本稅額條例課稅。依所得基本稅額條例規定，除當年度可盈虧互抵外，證券交易損失可在後三年中扣除，但限制需以「實際損益」並需經稽徵機關「核實認定」。未來證所稅開徵後，也將比照辦理。
也就是說，雖依「不溯及既往」原則，證所稅可依今年收盤價來認定成本，只要明年以後賣出實價格低於今年年底收盤價，就可享有「免稅」待遇，但若要申報虧損額度掛帳，還是要依實際買入價格，不存在「實盈虛虧」的掛帳抵稅空間。
財政部官員舉例，民眾今年買入100元的股票，年底時漲到200元，但在明年以150元價格賣出。依目前財政部規劃的草案，可以200元認定成本，因此後年不用繳稅。但民眾不能藉此申報虧損50元掛帳留到未來年度扣除，因損失要以「實價」計算，並經國稅局認定。
至於可能衍生的「人頭戶」問題，賦稅署副署長吳英世昨表示，依現行所得稅法可進行查稅，依法若漏報所得，最高罰稅額的2倍；若沒有申報，則最高要罰稅額的3倍。證所稅開徵後，除查股市大戶外，也會關注大股東利用慈善基金會或醫院等單位逃稅的狀況。