台北慈濟醫院主張免徵房屋稅敗訴，院方強調尚未收到判決書，等收到後會統一做出回應。新北市政府稅捐稽徵處長許慈美則說，尊重司法判決。
台北慈濟醫院由慈濟基金會捐助成立，位於新北市新店區，新北市政府稅捐稽徵處調查核定台北慈濟醫院九十四年度的房屋稅，應按非住家非營業用稅率二％，課稅兩百零二萬元。
餐廳、商店街 課徵營業用房屋稅
稅捐稽徵處同時查出台北慈濟醫院將地下一樓四百多坪供餐廳、商店街使用，另外地上一樓有八十多坪做為「靜思書軒」等營業使用，因此將營業用途的面積依營業用稅率三％課徵房屋稅，其餘面積以非住家非營業用稅率二％課徵房屋稅，共課稅兩千四百多萬元。
財團法人慈濟醫院對台北慈濟醫院被課徵房屋稅的處分不服，復查、訴願均遭駁回，因此打行政訴訟尋求救濟。
但合議庭指出，台北慈濟醫院是衛生署核准設立的醫療財團法人，雖有公益法人性質，但並非內政部核准立案的私立慈善救濟事業。
此外，慈濟醫院是慈濟基金會所捐助，並非慈濟基金會的附設醫院，不符房屋稅條例第十五條第一項第二款「業經立案的私立慈善救濟事業」的規定，因此不符免徵房屋稅規定，判原告財團法人慈濟醫院敗訴定讞。
慈濟基金會昨則發聲明稿指出， 行政院衛生署已於九十六年底函釋：「財團法人慈濟綜合醫院及其各分院應可認屬慈善救濟事業。」內政部也已經於今年一月函釋確立慈濟醫院符合業經立案的慈善救濟事業。慈濟醫院已經於上個月針對最高法院判決提出再審。