「因體積龐大，必須以特種櫃運送。」陽明海運表示，自由中國號古帆船將返台，陽明海運將免費運送。政府持有陽明海運三五％股權，陽明海運公關協理黃文哲指出，古帆船是利用開頂櫃專運，整艘船放入櫃中，再蓋上帆布遮蔽，這和一般載運遊艇方式相同。
陽明海運此次僅負責美國舊金山到基隆港的海上運行，裝櫃、包裝、通關等則由文建會發包給另一家公司負責。
負責評估搶救「自由中國號」的國立台灣海洋大學人文社會科學院院長羅綸新表示，「自由中國號」運回台後，還要進行整修，再移置基隆八斗子福清宮後方海洋科技博物館旁的停車場展示，未來將籌建自由中國號紀念館。