衛生局肺炎鏈球菌疫苗劑量不足，郭國文要求提出配套方案。他說，市府編列了兩千五百萬元預算，購買一萬四千多劑疫苗，扣除中低收入戶中央專案補助施打者，總共還短缺四萬四千多劑，形成免費疫苗「先打先贏」的情形，排不到免費疫苗的孩童，難道要自認倒楣嗎？
衛生局則說，疫苗經費不足，是中央預算落跑，中央應補助四分之三的經費，約七千八百萬沒有到位，而地方財政困窘，無力負擔全數疫苗預算，才無法全數顧及。
郭國文也質詢「護士荒」問題，要求衛生局降低護病比，保障護士與病人權益，否則各大醫院鬧護士荒，病人更慌！他要求衛生局會同勞工局、南區勞檢所進行勞動條件檢查，在五月十二日護士節前提出台南市護病比數據，以及護士人力短缺的解決方案。
林聖哲坦承，醫院確實有護士荒，也認同一比四的理想護病比，但目前無法確切掌握台南市醫療院所的護病比例。