憲兵刑事鑑定中心成立於民國76年7月1日，於93年11月1日編為憲兵直屬單位，下轄現場勘查、物理、化學及數位鑑識等4組。憲兵刑事鑑定中心為國軍唯一具法源專業鑑驗單位，並獲軍、司法審檢機關列為偵查案件囑託鑑定機關，與法務部調查局及刑事警察局並列為國內3大鑑定機關。
據了解，憲兵刑事鑑定中心多次參與並配合國軍與社會重大刑事案件鑑定，包括204兵工廠爆炸案及江國慶案。
對於近日瘦肉精爭議持續延燒，憲兵刑事鑑定中心主任馮嘉齊上校接受中央社訪問時說，中心擁有的液相層析串聯質譜儀可檢測塑化劑與瘦肉精。去年發生塑化劑風暴，中心配合國防部要求完成建置檢驗能量。
根據國防部資料，豬肉是國軍官兵主銷肉品最大宗，今年1至3月中旬，國軍官兵已協助銷貨約122萬4205公斤。高華柱日前也公開承諾國軍團膳肉品將逐批檢驗。
有關瘦肉精鑑定，馮嘉齊指出，中心目前已逐步建立檢測能量，待國防部專款經費到位後，預計3個月內可建置完成。
他說，所謂「檢測能量」是購買標準品，建立標準曲線以作比對，這些材料費大約新台幣1至2百萬左右，但最重要的還是機器保養，所需費用相當高昂。
中心化學組長潘勝明少校說，行政院衛生署公告液相層析串聯質譜儀為檢測瘦肉精的儀器，一旦當中心檢測最低濃度建立完成後，還須函文至衛生署食品藥物管理局（FDA）請求認證，由FDA派員視導相關流程與標準作業程序等是否符合規定。
根據中心資料顯示，中心人員含行政庶務共32人，但光是去年中心鑑驗支援國軍及各司法審檢機關案件就有2842件，包括尿液、毒品、毛髮、文書、指紋、槍彈、痕跡、測謊、數位及現場勘查等，工作量非常大
據了解，由於憲兵刑事鑑定中心為國軍唯一具法源專業鑑驗單位，因此在這波國軍精粹案人員精簡作業中，是唯一不受影響的單位之一。