壹週刊報導，海軍101敦睦遠航訓練支隊日前以整補加油名義，訪問印尼泗水，因中國大陸抗議，印尼軍方強要海軍降下艦艉國旗才能入港。外交部駐印尼代表處聞訊後，竟也屈從壓力，要海軍委曲求全，事後還怪罪軍方行前計畫不周，海軍迫於無奈，只停泊一晚，便草草結束印尼的訪問。
海軍司令部發布新聞稿澄清說，海軍敦睦遠航訓練支隊抵達印尼泗水港時，旗艦武夷艦於當地時間上午10時靠泊碼頭，武昌艦隨後亦靠泊碼頭，並循例升艦艏旗及艦艉國旗。
海軍司令部強調，有關週刊報導敦睦支隊於下午6時日落降旗後摸黑進港，顯然並非事實。
軍方指出，敦睦遠航訓練支隊敦訪各國時，均秉持平等、互惠尊重友邦主權、不矮化中華民國國格及維持尊嚴等原則辦理。靠泊期間均依相關國際禮儀，以及「陸海空軍軍旗條例施行細則」懸掛艦艇艦艏及艦艉旗。
軍方說，歷年海軍執行敦睦遠航訓練任務，在外交部協助安排下，均能順利圓滿達成，彼此協調、溝通良好。未來將持續秉持既定原則與協調溝通，執行敦睦遠航訓練，以達宣慰僑胞、敦睦邦誼目的。