交通部說，汽燃費隨油徵收會比隨車徵收公平，因財政部已提出能源稅，並討論將汽燃費納入，如果能源稅能儘快實施，汽燃費就可併入能源稅隨油徵收，不必二次接軌，如果未能在近期實施，交通部也有備案單獨啟動隨油徵收方案。
不過，交通部表示，若汽燃費隨油徵收無法併入能源稅，相關配套會比較複雜，有五大問題要克服。
交通部公路總局統計，現在汽燃費隨車徵收，每年約新台幣450億元，全用在道路養護、修建及安全管理。隨油徵收後，交通部的立場是現行汽燃費總額不變，但民眾很可能為了省開銷少用油，便宜的農漁用油流用，造成道路養護經費短收。
而汽燃費隨油徵收必須考慮代徵的對象是加油站或是油品經銷商。
根據交通部運輸研究所的研究，如果由加油站代徵汽燃費，各加油站需製作報表，會增加日常工作量及成本，有必要給予加油站代徵汽燃費的費用，但也會增加隨油徵收的相關行政成本。
如果由汽油進口商或製造商代徵汽燃費，還須考慮如何訂定代徵汽燃費之繳納期限，因為廠商從油品進貨到銷售給消費者所需的時間並不相同。
現在汽燃費是隨車徵收，農漁用油因非道路使用，不用繳汽燃費，隨油徵收後，交通部如何處理退費？而較便宜的農漁用油如何避免流用到車用市場，會是另一個考驗。
政府為發展公共運輸，公路客運、市區公車及被視為準公共運輸的計程車給予免徵汽燃費優惠，汽燃費改採隨油徵收制度雖更公平合理，但汽車運輸業營業用車輛成本將提高，汽燃費隨油徵收後，如何補貼公共運輸業，避免票價調漲，也是交通部正思考的問題。
地下油行混亂油品市場，也被交通部列為汽燃費隨油徵收後可能衍生的問題。除了成本較低的農漁用油流用外，可能也會讓部分民眾為省油，轉向地下油行加油擴大地下油行問題。
交通部說，汽燃費隨油徵收連帶相關問題，需與經濟部、農業委員會共同研擬完整因應辦法，必須配套機制完整下，才能確保汽燃費隨油徵收順利。