衛生署昨日擬出配股補充保費扣費辦法，配股換算金額超過二千元，就要依費率二％課收補充保費，二千元以下不用，上限則為一千萬，配股依面值十元計算。如果是員工分紅配股，依照所得稅法則以市值計算，配股換算須繳交的補充保費金額由現金股利去扣，扣完為止。
依照衛生署的規劃，一般股民如果配股超過二百股就會被課收補充保費，至於公司分紅配股的員工，由於其依照市值計算，繳交的補充保費會高出許多。
衛生署昨日邀集中小企銀、證券及壽險等團體，針對配股補充保費要怎麼收進行討論。衛生署健保小組副召集人曲同光表示，比較多的團體認為配股補充保費在課收技術上較為困難，因為股民在參與股票除權後，雖然配股還沒有買賣，但國稅局已先針對配股依十元面值及一定稅率扣稅，待年底跟綜所稅申報時再一起結算，但健保補充保費並沒有結算設計，民眾拿到的配股還是股票，即使以面值十元計算，還是沒有現金可以「就源扣繳」。
不過，衛生署副署長賴進祥表示，依二代健保法的規定，股票股利即包括了現金股利及配股，衛生署原先只規劃針對現金股利課收補充保費，但招致外界不公平的批評，於是研議配股也要課收補充保費，這個方向不會改變。
南華大學非營利事業管理系教授鄭文輝表示，二代健保的補充保費已經沒有退路，衛生署還能想出從配股課收補充保費的辦法，令人佩服，但市值跟面值差很多，會不會不公平？若有公司在股票股價跌得比較低時發放分紅配股，會不會讓補充保費的收取金額出現波動？
督保盟︰回歸家戶總所得
民間監督健保聯盟召集人孫友聯表示，收了配股補充保費，並沒有解決整個補充保費收費結構的不公平問題，整個補充保費的作業將更為混亂，解決之道還是回到「家戶總所得」，放棄補充保費。