漁運丸排水量約一百五十噸，船長約六十公尺，海嘯發生時停靠在日本青森縣八戶港，船主是北海道函館市一名男性漁民。當時船隻已年久老化不再出海，船上也沒有通訊及照明設備。
加拿大空軍三月廿日在卑詩省外海例行巡邏時，發現漁運丸出現在夏洛特皇后群島海域。船隻往南漂流，在上周末來到美國阿拉斯加州海域，但日本船主無意領回這艘船。美國國家海洋暨大氣總署向海岸防衛隊提出建議，認為直接擊沉對環境的衝擊最小。
駐紮在阿拉斯加州朱諾的海岸防衛隊警備艦「安娜卡帕號」在五日下午，以艦上廿五公釐加農炮對準漁運丸開火，擊中船舷，船隻著火後傾斜，逐漸沉入阿拉斯加灣約三百公尺深的海底。