最高法院認為，更二審對何智輝等人向新竹科學園區管理局索賄金額沒查清楚，且對另名被告熊名武製作不實財務和會計報表一事，未做出裁判，有必要詳加調查。
最高法院指出，更二審一方面認定科管局「出於自由意志」，有條件發放2億7100萬元獎勵金；另一方面又認定其中1億7120萬元，是何智輝等人利用何的立委身分，向科管局藉勢藉端勒索，究竟勒索金額是多少，更二審沒調查清楚。
另外，農林公司負責人熊名武被檢方起訴製作不實財務和會計報表一事，最高法院認為更二審對此犯罪事實，漏未裁判，未來高院應一併調查清楚。
何智輝等人被控涉及久俊工程開發、關說銅鑼徵地發放農林公司獎勵金貪污案、新竹企銀三義分行、國華人壽違法超貸等案；更二審依藉勢藉端勒索財物罪，判何14年、褫奪公權8年，熊名武被判11年，農林公司員工溫世才獲判7年。