法院判決指出，何智輝被控於民國89年至91年間為農林公司向科管局關說，先後以自己擔任立法院科技資訊委員會、預算決算委員會召集委員的權勢，在立法院提出不利科管局的議案，藉勢藉端勒索科管局給付新台幣2億2354萬餘元，再侵占花用。
高院去年更二審以貪污治罪條例中的藉勢藉端勒索財物罪，將何智輝判處有期徒刑14年、褫奪公權8年；農林公司負責人熊名武則判有期徒刑11年、褫奪公權5年，熊的特助溫世才判有期徒刑7年、褫奪公權4年。
最高法院認為，科管局在何智輝等人藉勢藉端提出議案逼勒給付獎勵金前，已同意給付農林公司獎勵金約2億7100萬元，並已先發放1億元；高院更二審認定其中1億元非不法所得，卻認定其餘款項為不法財物，理由矛盾。
此外，最高法院指出，更二審對熊名武被訴故意遺漏會計事項，導致90、91年度財務報表發生不實結果部分，漏而未判，因此將案件發回更審。