農委會最新檢驗顯示，近年爆發的多起H5N2高病原禽流感疫情，已完成病毒株的比對，每一案的病毒株與最初2003年發生H5N2禽流感的病毒株同質性高達94%到95%，證實近幾年被延宕或隱匿的H5N2高病原疫情，確實是來自2003年最初發生疫情的加劇。
農委會發現，台灣的H5N2病毒株有8段，其中6段是歐亞型，2段是美洲型，後者是否來自墨西哥疫苗被違法偷製傳出，除非調查偷製疫苗案，才能釐清。
「不能戳的秘密」紀錄片導演李惠仁指出，台灣H5N2禽流感疫情不論是低或高病原的發生，恐怕不是外來，而是來自坊間有專業人士，未經政府許可，擅自製作當年爆發H5N2禽流感疫情的墨西哥H5N2禽流感疫苗，製程可能出問題，沒用死的病毒，讓活病毒流出所致。
他表示，明明全台不能打禽流感疫苗，卻曾有人告知他有業者偷偷打疫苗，但至今被傳聞是偷製者也否認。
農委會主委陳保基今天表示，「國內家禽業者是否有施打疫苗的這一部分，我們再進一步的釐清，因為很多低病原轉到高病原的過程裡，家禽本身也會產生低病原抗體，因此到底是用自然的（候鳥）感染來的？或者是違法疫苗所致？要進一步來釐清。」
台大獸醫專業學院名譽教授賴秀穗接受電訪指出，就他所知，檢調單位當年似曾進行過調查，但沒有具體證據。