二代健保裡的「補充保費」，計費項目包括全年累計超過每月投保金額4倍的獎金、在投保單位以外得到的薪資所得（兼職）、執行業務收入、現金股利及配股所得、利息所得及個人租給公司、機關的租金收入等，都要依2％的費率計收「補充保費」。衛生署預估一年可以收到約208億的補充保費，其中又以股利所得43億排第一。
補充保費扣繳辦法規定，補充保費下限二千元，上限一千萬元，亦即收入低於二千元以下或超過一千萬元的部分就不再計算扣費。
比如張三有筆一千五百元演講收入，低於二千元就不用收補充保費；李四有筆三千元的利息收入，超過二千元，就需繳三千乘以二％、即六十元的補充保費；王五有筆一千二百萬元的租金年收入，由於補充保費最高只計到一千萬元，最多只需多繳一千萬乘以二％的二十萬元保費。
補充保費將採單筆「就源扣繳」的方式，例如李四有五千元的執行業務收入，給付單位就先扣一百元的補充保費繳給健保局，李四只會收到四千九百元。
獎金部分的補充保費採累計方式，例如公司二月發給員工兩個月獎金，六月又發給三個月獎金，兩次共發放五個月，超過法定的四個月標準，在六月發獎金時，超出的那一個月獎金即會先被扣取二％的補充保費。
雇主也要加收補充保費，費率也是二％，即雇主每個月付給員工的總薪水，扣除員工總月薪投保金額後所得餘額乘以二％，即為雇主須付的補充保費。
不過，有些特殊職業類別的部分收入不收補充保費，包括低收入戶的所得、在職業工會（第二類）加保民眾的所有薪資所得、自行開業的醫師、建築師及律師等專技人員，以及參加工會的演藝人員、作家及泥水工等的執行業務收入，不過，眷屬不能比照。