國民黨發言人殷瑋昨指出，馬總統遙祭黃帝陵是表達政府對慎終追遠傳統文化重視，期許台灣成為中華文化領航者，但泛綠陣營立委許忠信、黃文玲、陳其邁、蔡其昌等人卻提出批評，惡意把歷史文化議題操作成政治議題。
據了解，民進黨執政時的內政部長李逸洋曾表示，中樞遙祭黃帝陵典禮不是內政部主辦，它是屬於國家儀式，這是過去歷史的產物，但大家現在強調台灣主體性，這項儀式的存廢有檢討的空間，內政部願意傾聽社會各界的意見。
當時的考試院長姚嘉文也提及，「很多台灣人的祖先是原住民，不是黃帝」，中樞遙祭黃帝陵大可不必！姚嘉文認為，這項典禮應該取消，政府不要管到人民祭祖的事，管得太多了！政教應該分離，「讓人民或民間自己做就好，不宜用國家大典的儀式」。
姚嘉文表示，如果真的要紀念，也應鼓勵採取舉辦演講或座談會的方式，就像歐美各國在紀念貝多芬等人一樣，並將這類活動交給人民團體去執行就可以了，政府應將精神和資源放在其他福國利民的施政。
有關應否廢止中樞遙祭黃帝陵典禮一事，也在立法院引起討論。第五屆立法院時，台聯立委陳建銘和民進黨立委陳景峻曾提案：鑒於遙祭黃帝陵和宣導實踐禮儀規範根本毫無直接關聯性，且真實性仍有待考據。台灣實在無需花費任何經費預算，祭拜中國境內一個人為圖騰，充滿統戰意涵的一般古蹟。該案並獲鄭朝明、李鎮楠、蔡啟芳、張秀珍等其他民進黨立委連署，但不為藍軍立委支持。