二○○九年清明節前夕，馬英九親自主持遙祭黃帝陵典禮，成為中華民國政府遷台後第一位主持遙祭黃帝陵典禮的國家元首。昨天上午，馬英九再度親率文武官員赴忠烈祠遙祭黃陵，並誦讀祭文。
馬英九的祭文「以我中華人文始祖軒轅黃帝在天之靈」為主祭對象，祭文開始以「涿鹿大捷，華夏復興；四海百姓，心歸有熊」，描述黃帝一統中原的歷史；其後以創建民國及五權分立，描寫台灣政治及社會發展。祭文後段則以「和平兩岸，雙贏共榮；同胞一體，允執厥中」，期許兩岸關係和平發展。
馬英九兩度親祭黃陵，遭到台聯立院黨團總召許忠信質疑，指以西洋史學觀而言，沒有足夠證據證明黃帝的存在，「馬英九是看到鬼嗎」？他更表示，馬英九在台灣遙祭黃帝，未未曾赴台南祭拜「開台聖王」鄭成功的參軍陳永華，顯然心裡想的就是「終極統一」。台聯立委黃文玲更表示，過去祭黃陵是內政部長的工作，馬英九一上任就親自主持祭黃陵儀式，代表馬英九「心向中國」，符合其父馬鶴凌「化獨漸統」的思維。
總統府回應表示，其實台灣人民除原住民外，多來自閩、粵地方奉黃帝為始祖的漢民族；過去在日本的異族統治下，仍堅持黃帝子孫的信念，保有台灣人民族的主體性和尊嚴；台灣光復後，還有本土大老林獻堂先生率「台灣光復致敬團」至西安謁黃陵。
總統府表示，馬英九藉由遙祭黃陵凸顯慎終追遠、源遠流長的寓意，這些中華文化的核心價值本來就是台灣人民美德的一部分，是高於政治層次的文化歷史層次。總統府同時重申，馬英九的兩岸政策一向是「以台灣為主、對人民有利」，在中華民國的憲法架構下，在任內堅持「不統、不獨、不武」的台海現狀，政府絕對會堅定捍衛中華民國主權、維護台灣尊嚴，繼續努力打造兩岸和平繁榮的發展環境。