阿里山鐵路於2008年6月間由民營公司接手經營後，陸續發生火車脫軌、火燒車等意外，2009年八八水災後，林務局以民營公司未依契約修復，於2010年3月間收回森鐵經營權。
阿里山森林鐵路民營後，不到4個月就因天災而停駛，直到2009年元月16日，民營公司才以接駁方式復駛，嗣後又因八八水災而停駛，林務局收回經營後，至今尚未修復。
對此，嘉義林管處表示，阿里山森林鐵路於八八水災中受損嚴重，主線嘉義至奮起湖段已於去年6月底完成修復，將補充人力與訓練後復駛。但何時復駛，林管處表示，尚未接獲指示。
至於受創最嚴重的奮起湖至阿里山段部分，目前有3件工程完工、4件施工中、1件發包中、1件設計中，雖然行政院南部聯合服務中心預計明年底可修復，恢復全線通車，但基層員工認為還有很多變化，不敢太過樂觀。
一名林務局基層員工就表示，阿里山森林鐵路在八八水災中，受創最嚴重的是二萬坪車站下方，路基整個被掏空，林務局收回經營後，這處工程一直無法順利發包，將會影響全線通車。
這名不願具名的員工表示，如果二萬坪修復工程現在立即發包，想要趕在明年底完工，須很拚。
他說，如果工程現在馬上發包出去，因雨季即將來臨，工程進度勢必受到延宕。此外，雨季期間，任何一個颱風、超大豪雨，都有可能再度造成鐵路受損，在「舊傷未癒、新傷再起」的情況下，阿里山森鐵風貌何日重現，仍是未知數。1010401