成功大學3/29為醫學院創院院長黃崑巖舉辦追思會，總統馬英九特別頒褒揚令，由副總統蕭萬長頒發，讚揚黃崑巖院長一生為醫學教育的至高奉獻，醫學院師生也獻上黃崑巖院長最喜歡的合唱曲「回憶」，在悠揚的歌聲中，大家追想黃院長在醫學院中走動的身影，往日的教誨，懷思不已。
成功大學校長黃煌煇表示，黃崑巖院長一生追求完美，做事一絲不苟，為後人留下特別典範，期望他走後的成大，秉持他的精神，一起追求完美。
成大醫學院林其和院長稱黃崑巖院長是「A Renaissance Man」，黃崑巖院長才華橫溢，既是科學家、教育家、思想家，也是藝術家、作家，一生貢獻無限，功同良相，他常期勉所有醫師，「學做醫師前，要先學做人」，就是要大家做一個文化人，做事的態度比做事的成就還重要，林其和院長希望所有人都能記取黃院長的教誨，一起追求完美。
黃崑巖院長夫人謝惠美醫師帶著3個女兒參加追思會，她滿懷感謝，看到滿場的好朋友與鮮花，她覺得這是「Celebration for Kun-Yen」好像一場盛宴；謝惠美醫師說大家都知道黃崑巖做事追求完美，一絲不苟，所以很可能得罪了許多人，她代替黃崑巖先向大家道歉。
黃崑巖院長生前英俊挺拔，才華橫溢，他最熱愛音樂，所以追思會中特別邀請他的學生張邦彥演奏邦的「夜曲」，也由成杏合唱團追思獻唱「千風之歌」、「回憶」，全場還一起歌誦「奇異恩典」，在悠揚的樂聲中，一起追念哲人。