3月30日總統馬英九即將到台南市召開「12年基本國教南區座談會」，由於賴清德市長即將出席，議員邱莉莉認為12年國教草案太過粗糙，29日在議會定期大會呼籲賴市長當面向馬總統要求期程延後。
邱莉莉指出，有關12年國民義務教育政策，教育部迄今僅訂立大原則，卻讓地方政府各行其事，相當不負責任，最壞情況將造成縣市間惡性競爭招生、市內各校也有可能在家長壓力和望子成龍期待下「拿刀相殺」，這將形成台南市經過多年教育改革努力，卻一夕「倒退嚕」的遺憾現象。
邱莉莉表示，延長國民教育的基本精神是為讓學童快樂學習，遠離升學主義的枷鎖，並讓學童確立學習的分流志向，但如今提出不完整配套的12年國教草案，等同造成經濟學所謂的「非理性的預期心理」，提早把國教的壓力強加在國小學童身上，原先立意良好的教育政策構想，卻讓學童從小一起要背學習包袱到高中職，恐怕會更加助長扭曲的升學歪風。
邱莉莉表示，十二年國教對學童來講雖尚未全面面臨，但已無形中造成「天花板上的壓力」，而且高中職教育制度內的特色變革會牽動國中、小學特色班的死灰復燃，例如最近她已接獲不少家長熱切詢問，某國小音樂班又儼然被視為搶手資優班，這些現象請市長特別留意，必要時當面向馬英九反映。