對於外界質疑民進黨前立委洪奇昌附和吳伯雄「一國兩區」說法，洪奇昌今（26）日澄清說，他是認同前總統府副秘書長林碧炤以「法定疆域」對於現行憲法的解釋。但他也認為，吳伯雄在對岸說出「一國兩區」是時地不宜的；而當吳伯雄說這是「受人之託」、「忠人之事」時，總統馬英九有必要就這個論述的內容向國人說清楚。
洪奇昌指出他的立場是，「堅守主權」、「深化認同」、「擴大交流」，最後則是「和平解決」。而這也符合美國的政策：台灣的現狀不得片面由單方面改變。但對岸卻是「九二共識」、「一中框架」、「一中原則」最後則是「和平統一」。
他說，中華民國在台灣是事實存在的主權獨立國家；必須盡最大力量來維繫台灣的生存與發展，並在和平穩定的架構下，擴大與對岸在教育、文化、宗教、社會的交流。
至於兩岸政治領域，洪奇昌重申，需要「創造性的模糊」。他強調，現階段沒辦法用簡單的幾個文字，如「一國兩區」、「一邊一國」等幾個文字來處理；而這些定位也都會引起爭議。
他以精神科醫師立場說，台灣社會對未來有一種集體的焦慮感，不確定馬英九到底會把台灣主權帶往哪裡走？因此，為政者必須更謹慎的來處理。
對於馬英九的「九二共識」，洪奇昌說，如果這是在「一中框架」下，那就沒有「一中各表」的空間。至今大陸還是不能接受任何一個黨主席層次的人在中國表達「中華民國存在的事實」。
也因此，洪奇昌指出，國民黨榮譽主席吳伯雄在中國大陸講「一國兩區」是時、地皆不宜。「一國兩區」是憲法的、是國內表述，但吳伯雄卻在北京、在那個宣稱對台灣擁有主權的國家領袖前做這個表述，是不適當的、危險的、引起爭議的，且對凝聚台灣共識是沒有幫助的。
他說，這就如同去年10月，馬英九拋出「和平協議」後撤回那樣的不適宜。而且，國家主權的議題，也不適宜在國共平台底下去談。
但馬英九有沒有必要出面澄清呢？洪奇昌說，當吳伯雄說「受人之託」、「忠人之事」時，如果這個是屬實，引起了高度爭議，馬英九有必要就這個論述的內容向國人說清楚。
但對於「一國兩區」的憲法意義，洪奇昌說，他認同李登輝時總統府副秘書長林碧炤說的，「一國兩區」是法制的疆域（legal territory）。但他也有所保留說，外國媒體會翻成「一個國家兩個地區」（one country two districts或one country two areas）。「一國兩區」雖然是現階段憲法上的解釋，但無疑問地在台灣、甚至國民黨內部會引起爭議的。
對於兩岸的定位，洪奇昌說，台灣的中華民國與中華人民共和國都是主權獨立的國家，目前最接近事實的論述就是「特殊國與國關係」。但對於特殊國與國關係的兩國加起來到底總數是「1」還是「2」？洪奇昌則清楚地回答，「現階段當然是2」。
雖然期待兩岸交流能有「創造性的模糊」，但洪奇昌說，真的要跟對岸進行政治對話時，必須要堅守自己的主權，因為主權是不可退讓的。必須表述台灣、中華民國是一個主權獨立的國家。而國民黨作為一個台灣執政黨，必須勇敢的說中華民國政府是一個獨立的國家。
至於民進黨該不該參與總統府的「兩岸和平發展委員會」，洪奇昌表示，如果具有法源基礎，基於凝聚台灣共識、台灣的主體認同會越來越深化下，他認為，應該要參加。
但若馬英九加入了一些政治前提時，洪奇昌則說，馬英九真的放棄了台灣的主體性、憲法主權，拋出了一個具有爭議、且不成熟的共識後，他就不符合台灣人民的整體利益。
談到他與蘇起一起推動台北論壇一事，洪奇昌表示，那是去年8月開始進行的。當時的想法是不管誰執政，這個建言書應該是「國家議題」（national agenda），也才邀請了朝野、但沒有高度政治性的學者一起來寫。同時，只要沒有共識的，就不放進建言書裡。但蘇起背後有沒有馬英九的授意，他則並不清楚。