二○○九年五月十九日，馬在就職週年記者會上，闡述他對兩岸關係的「終極目標」，就是爭取足夠的時間與歷史階段，讓同是炎黃子孫的兩岸人民，能夠在中華民族智慧的導引下，找出尋求兩岸問題解決的方案。
去年二月七日，馬為落實「一國兩區」的政策概念，明確要求各部會應稱對岸為「中國大陸」或「大陸」，公文書不能再使用「中國」字眼。
去年五月卅日，馬在世界國際法學會亞太區域年會致詞時指出，我們不應也不會否認中國當局在「大陸地區」有效行使治權的事實。「互不承認，互不否認」是對兩岸現狀最好的解釋，也是正視現實，擱置爭議，促進和平最好的方法。中共建政是在一九四九年，但中國仍是中華民國憲法所規定的「固有疆域」，「兩岸人民關係條例」將中華民國政府行使統治權地區稱為「台灣地區」，「大陸地區」則是台灣地區以外的中華民國領土。