「一國兩區」之說在李登輝時期及馬英九擔任黨主席時期，都曾以不同形式、在不同場合被提出，屢屢引發重大爭議。二○○八年，墨西哥太陽報曾有相關報導，更引發極大風波。因此吳伯雄此番談話，讓府方頗為緊張，快速發出聲明。
黨政人士表示，總統對兩岸定位的看法從沒有改變，總統府只是重申堅守中華民國憲法的立場，不過他們不願意去評論吳伯雄的說法是否有逾越馬總統的立場。
總統府發言人范姜泰基表示，馬英九的兩岸政策非常清楚，就是在中華民國憲法架構下，維持台海不統、不獨、不武的現狀，並在「九二共識、一中各表」的基礎上，推動兩岸和平發展。
范姜泰基特別強調，其中的「一個中國」指的就是中華民國，馬英九對此立場十分堅持，從未有過絲毫改變。
對於兩岸關係的定位，總統府也重申馬英九一貫的立場指出，海峽兩岸的雙方處於一種特別的關係，兩岸互不承認主權、互不否認治權；在中華民國憲法以及兩岸人民關係條例的規範之下，台灣地區指台灣、澎湖、金門、馬祖及政府統治權所及之其他地區；而大陸地區則指台灣地區以外之中華民國領土，均屬於中華民國。范姜泰基強調，兩岸定位一切根據我國憲法及法律規定；而根據中華民國憲法規定，兩岸關係就是中華民國台灣地區與中華民國大陸地區之間的關係，政府捍衛中華民國的立場絕不改變。
陸委會副主委劉德勳對此解釋說，以現行兩岸人民關係條例規定，「就是一個中華民國，有一個台灣地區和大陸地區。」他強調，陸委會沒有感覺到吳伯雄的說法，含有兩岸展開政治對話的意涵，政府也沒有要與對岸進行政治對話的問題，「目前沒有這樣子的規畫」。