首先，戴玉燕主秘就行政調查小組的成員、調查範圍、調查發現與調查結論依序說明。她表示，這次調查時間緊迫，且行政調查有其本身之侷限性，故選定我國自93年發現禽流感病毒迄今，外界對其高、低病原性判定最為關注的5個案件，也就是97年10月的高雄路竹案、98年3月的台南新市案、99年2月的彰化芳苑案、去年12月底的彰化芳苑案（即李惠仁導演檢舉案）及今年2月的台南六甲案為調查範圍。調查小組成員包括技監、參事及法規、政風主管共5人，過程中共調閱相關公文102件、約談13人次，並在10天內密集召開了7次會議。
根據調查發現，該會防檢局與畜衛所自97年路竹案起，在判定H5N2高低病原之檢驗方法存有見解上的歧異，如畜衛所認為HPAI病毒之臨床症狀有極大差異，不宜作為確診之判斷；防檢局卻認為臨床症狀對確診的判斷非常必要。畜衛所認為雞隻靜脈內接種致病性指數(IVPI)為其黃金準則，IVPI在1.2以上即為HPAI。防檢局認縱然個案之IVPI檢驗值在1.2以上，仍應依疫情現場有無嚴重的臨床症狀作「綜合判斷」，才能確診。另HPAI檢驗方法中之「臨床症狀」，畜衛所認為是指實驗室之臨床症狀，防檢局則認為係指疫情現場之臨床症狀等，均是衍生爭議之所在。其次，判定高低病原之權責究屬防檢局或畜衛所，亦有不清，繼而影響了判定時效，確有待改進之處。
概括來說，高雄路竹案、99年彰化芳苑案、台南六甲案經調查後，經查其處理過程尚查無相關人員有拖延或隱匿疫情等行政或刑事責任情事。而去年底李惠仁導演檢舉的彰化芳苑蛋雞場案，防檢局已立即採取移動管制等防疫措施，然因防檢局許天來前局長於今年2月1日101年度第1次專家會議表達意見影響會議進行，致會議決議無共識，且該局後續於2月7日與2月20日兩度發文畜衛所，對會議紀錄表示未完整紀錄該局意見，致使畜衛所遲至101年3月1日始召開101年度第2次專家會議，仍有延宕疏失，調查小組建議交機關考績會追究相關人員行政責任。另在調查台南新市案過程中，小組成員發現，防檢局及畜衛所均未要求許姓飼主依疫情通報標準程序處理，顯有疏失。畜衛所未依照程序將該案提交「家禽流行性感冒診斷監測工作技術小組專家會議」審查討論，而是另行召開「案例討論會議」處理，且事後未依決議應辦事項進行待釐清及供後續確診所需之相關處置，均有疏失。另畜衛所98年3月27日既已檢出H5N2亞型禽流感病毒，且於同年4月5日驗出IVPI=1.86，病毒接種試驗死亡率90%，防檢局身為防疫機關，卻未持續關注本案後續之處理與發展，亦有疏失，且兩機關對於本案部分檔案未能提供，有管理不善、移交不清情形，調查小組建議追究相關人員行政責任。
對於各界關注防檢局前局長許天來（現已調任非主管技監）在今（101）年2月1日淡水畜衛所專家會議上發言提及「老闆」乙節，經約詢當事人，許技監表示，當天會議事前不知有錄音，言詞較無修飾，所稱「老闆」在其心目中係指主委，在會中不同發言部分指不同位主委；其中所謂「老闆交代的」老闆指的是陳武雄主委，「大老闆還沒有同意」係指禽流感防制規範尚未經行政院核定；至於「最好開會在老闆上台之後」（多家媒體報導成『老闆下台之後』）係因其以眼光詢問與會學者專家最近1、2天再度蒞會意願，說最好開會在老闆上台之後，是有詢問大家之意，這裡的老闆是指新任主委，因為當時已知陳武雄主委不再續任。而說「現場沒那麼急」，是指因為養雞場現場沒有雞隻大量死亡，而且也已經對該場進行移動管制，因此才說出現場沒那麼急。
胡副主委說明，依調查報告，如果同仁確實有疏失，會依情節輕重及程序處理。對於台南新市案與彰化芳苑案都出現民眾自行透過郵局或快遞寄送染病雞隻的情形，從防疫專業來看，這是錯誤的作法，民眾關切疫情主動通報是對的，但應該第一時間通報當地防疫機關，由防疫機關前往按照專業程序進行採樣，對疫情的診斷與控制才會有幫助。
胡副主委表示，台灣位處候鳥遷徙的路線，難以避免發生禽流感，但只要落實全民防疫，禽場業者能於第一時間向所在地防疫單位通報，政府有信心能很快速地控制疫情、妥善處理。他強調，H5N2是一個家禽的疾病，不會影響人體健康，國人不需過度恐慌；他也期待，透過此次的檢討，未來在防疫方面可以做得更加完善。
訊息來源：行政院農業委員會