調查認定有高病原病毒 無高病原疫情
農委會由主任秘書戴玉燕召集政風與法規主管等五人組成調查小組，針對九十七年十月的高雄路竹案、九十八年三月的台南新市案、九十九年二月的彰化芳苑案、去年十二月底的彰化芳苑案及今年二月的台南六甲案進行調查。其中台南新市案是此次才意外曝光，被隱匿長達三年之久，當時並沒有通報ＯＩＥ（世界動物衛生組織），也沒有對外發佈。
戴玉燕說，從高雄路竹案首度出現ＩＶＰＩ（靜脈內接種致病性指數）大於一．二以來，防檢局與畜衛所就出現高低病原認定歧見，畜衛所認為ＩＶＰＩ是判斷高病原的黃金準則；防檢局卻認為必須依照臨床症狀、現場死亡率「綜合判斷」。
新市、去年底芳苑案建議究責
戴玉燕指出，高雄路竹案、九十九年彰化芳苑案、台南六甲案調查發現沒有拖延或隱匿疫情。不過，去年底彰化芳苑案，因防檢局前局長許天來在二月一日專家會議表達意見，讓會議無共識，造成延宕；至於新市禽流感，防檢局及畜衛所均未要求飼主依疫情通報標準程序處理，加上部分檔案管理不善、移交不清，尚有疑點待釐清，也有疏失，建議考績會追究該兩案相關人員行政責任。
調查報告中並指，新市禽流感如有涉及相關刑事責任，未來不排除將本案移請檢調機關偵辦，當初台南縣防治所有無缺失，建議移請台南市政府查明。台南市農業局長許漢卿及動物防疫保護處長李朝全表示，會進行查證並依法處理。前台南縣防治所所長謝耀清，目前擔任防檢局高雄分局長，昨夜手機不通，無法與其聯繫。
許天來最大的大老闆 指的是行政院
至於許天來在二月一日專家會議上口中的「老闆」，戴玉燕說，當時所謂的「老闆」其實有三個，所稱「老闆交代的」，是指當時的主委陳武雄；所謂「最大的大老闆還沒有同意」，是指禽流感防制規範還沒經行政院核定；至於「最好開會在老闆上台後」，其實是指新任主委陳保基。
戴玉燕也強調，由於防檢局、畜衛所各有專家小組做高低病原判定，前農委會主委陳武雄已在一月十二日禽流感督導會報上做出「H5N2高病原禽流感判定程序」的政策性指示，未來由畜衛所判定，防檢局依照判定結果採取相關防疫措施。
李惠仁昨到農委會聆聽調查結果，對於結論相當不滿，並數度與農委會針鋒相對。李惠仁說，調查報告破綻百出，前後矛盾。陳武雄過去多次說是召開與主管間的「圓桌會議」，調查報告卻成了「禽流感督導會報」；既然陳武雄在一月十二日指示要依照畜衛所做判定，就應該判定為高病原，為何許天來二月一日專家會議上還強烈干預？
李惠仁質疑，他手邊高病原判定程序就有三個不同版本，除昨天公佈的一月十二日，三月八日在立法院衛環委員會上農委會也拿出另一版本，還有九十五年公告的。公務人員應依法行政，但農委會卻在沒有任何法源依據下，隨時都可以把高病原禽流感變成低病原。