禽流感防疫行政調查報告19日出爐，5件爭議案件中，2011年底爆發的彰化芳苑蛋雞場案被認為有延宕處理之虞、台南新市案則未依標準程序處理，相關行政人員將被提交考績會處分。
至於前防檢局長許天來在2月專家會議中提到的「老闆」，專家小組也釐清，在「老闆有交代」一句中，指的是前主委陳武雄；「開會等老闆上台之後」指的是現任主委陳保基；至於「大老闆」，則是指行政院。調查小組召集人戴玉燕說：『(原音)他心中的老闆，就是指本會的主委。所謂的大老闆，就是許前局長他一直希望將禽流感的相關規範可以明文化、法制化，這樣禽流感疫情相關規範因為要報行政院核定，所以口中的大老闆就是行政院。』
戴玉燕表示，由於防檢局與畜衛所對於禽流感高低病原性的檢驗方法不同，例如畜衛所以靜脈內接種致病性指數(IVPI)為黃金準則，且「臨床症狀」是指實驗室症狀；防檢局則是以IVPI值與現場死亡率共同參考，臨床症狀是指疫情現場狀況，導致雙方無法達成共識。戴玉燕指出，為避免影響判定時效，現在已一律改為由畜衛所專家小組判定，防檢局則依據畜衛所判定結果執行工作，以改善權責不清的狀況。