二代健保預定七月上路，其中最受外界關注的就是補充保費問題，未來包括超過四個月以上投保金額的獎金、兼職薪資所得、執行業務收入、股利所得、利息所得，以及租金收入等六大類所得，不管是收到現金、支票或提貨禮券，只要單筆超過兩千元，通通必須扣繳健保費。
衛生署健保小組表示，補充保費的下限，是不是訂在兩千元，還在討論階段，不過，應該不會超過現行的5.17%。不過草案中也規定，某些民眾可免繳補充保費，包括低收入戶、投保職業公會的第二類被保險人，無一定雇主者，薪資所得免扣繳補充保費。不過民間團體批評，這樣的設計，反而造成兼差打工族，必須多繳保費的不公平情況。
衛生署表示，最近正邀集各界人士討論補充保險費的扣繳辦法，也會針對計費收取時的困難，再做一些修訂，而這項草案，預計最快四月就會正式對外公布。