改採特殊計畫方式逃避規定
行政院所屬各機關委託研究計畫管理要點第七點規定「選定委託對象時，除應審酌主持人主持研究能力外，同一期間接受政府委託研究計畫達二項以上，尤應審慎衡酌考量」，國科會卻改採「特殊計畫」方式，讓特定計畫不列入計算，監院直指這種做法是「巧立名目」。
監院指出，若主持人可同時接任多項研究計畫，依學術圈生態及運作實況，極易產生有限資源過度集中，由少數知名學者或學術主管壟斷情況，對資淺、具潛力卻乏知名度的研究人員極為不公平。
監院指出，國科會主委李羅權九十八、九十九年兼任二項計畫，一百年接任副主委的張清風當年有三項計畫，九十九年接任國科會工程處長的李清庭，九十九、一百年度有五項計畫，九十八年接任國科會自然處長的廖文?，九十八至一百年有七項計畫。監院指出，國科會主管兼任多項研究計畫主持人，很容易遭質疑球員兼裁判。
九十八至一百年國科會補助計畫，兼任五件與五件以上者，分別有五十人、二十八人、五人，其中九十八年度擔任六件計畫主持人者有九人，擔任七件計畫者有一人，擔任八件計畫者則有二人，九十九、一百年已略微改善。
2大學校長兼任10計畫主持人
在大學校長部分，九十八至一百年度台師大校長張國恩、大葉大學校長武東星，都兼任十項計畫主持人，許多大學校長也兼任多項研究計畫主持人。
監院認為，雖美其名為「借重其威望及整合資源之能力」，實則可能僅係掛名，有成為學界「轉發包中心」之虞，甚至因超過其體力負荷，有礙校長身心健康，實不足取。
張清風喊冤，表示自己目前手上有二個計畫，都是在借調到國科會以前申請的，八月就會全部結束，擔任副主委後就沒再申請過研究計畫。
被點名校長稱依法令規定處理
張國恩正在法國訪問，他接受越洋電訪表示，是在副校長任內受邀兼任計畫主持人，不過在擔任校長後已大減；武東星強調，這些計畫都是他擔任校長之前就已成立的延續性計畫，一切都依照法令規定來處理。