馬政府處理美牛議題，爭議未解，然而，決策過程中，「馬家軍」延續選戰時期「文宣掛帥」的最高指導原則，凌駕國安、行政體系，更是令人嘆為觀止。
從宣示以「新的方法」面對美牛問題，馬政府的農委會召開三次專家學者諮詢會議、總統府召集國安會議、行政院突然宣布政策立場、閣揆多次出面說明、黨中央安撫黨籍立委等，都是總統府一手鋪陳，按照劇本照表操課。
馬為了美牛議題，兩度召開國安層級會議，與會者除了府、院、國安高層、部會首長，隸屬馬嫡系的「馬家軍」文宣團隊也赫然在列，更扮演關鍵角色，讓與會的高級官員傻眼。
國家安全會議有法定出席人員，明定「總統得指定有關人員列席國家安全會議」。總統府為美牛召開的國安會議，除了與馬關係緊密的國安會諮詢委員、府副秘書長，還有國民黨負責黨務「組織發展」的人士。
馬主導美牛決策，馬家軍則扮演鐵衛軍，負責穿針引線，貫徹馬的意志。黨政人士形容，為了美牛召開的國安會議，馬嫡系率先輪番發言，也傳達「速戰速決」要求，還對行政體系邀集專家學者撰寫的說帖大有意見。
馬家軍主導國安會議，與會的高階官員似乎全都淪為配角，只有聽命執行的份。馬家軍文宣掛帥，凌駕國安、行政體系，馬總統的決策風格當然罕見。
馬決策封閉，只信任少數親信幕僚。連任後的馬總統，「小圈圈決策模式」，只依賴少數幕僚的習慣，顯然更甚以往。整個行政體系、黨務體系都聽從少數馬家軍的指揮，資深官員即使心有不甘，也不敢違逆。威權獨裁的施政風格，醬缸味越來越濃。