馬總統大選獲勝後，今年二月一日接見美國在台協會理事主席薄瑞光時，指新內閣將以「新的方法」處理美牛問題。等於馬總統自己點燃美牛戰火。
比照「選戰規格」處理
黨政人士指出，陳內閣二月六日就任，美牛議題就由總統府方面「單線領導」，包括進度、節奏、方式，還有文宣，完全比照「選戰規格」處理。
三月三日第三次專家學者會議召開前夕，立法院將「零檢出」修法版本付委審查，據指出，府方決定當晚召開國安會議，重點放在不希望立院衝太快，否則決策空間完全喪失，茲事體大。接著，總統府在四日晚間再度召開國安會議，馬的核心幕僚率先表態，專家會議已有結論，希望此事「速戰速決」，相關單位加緊腳步，務必在五二○總統就職日前讓此事告一段落。
行政院在五日深夜以新聞稿宣布有條件開放飼料添加萊克多巴胺的牛肉進口，引發更大的風暴。但黨政人士指出，政院決定當晚發出新聞稿，背後就是出自總統府的授意，主要考量就是盡早表明政府立場，落實「速戰速決」原則。
陳揆除在五日、十二日兩度赴黨中央向黨籍立委、執政縣市首長說明，昨到國民黨中常會公開進行專案報告，黨政人士指出，這都是總統府方面的安排。
黨政人士透露，馬總統拍板「加強宣導」，用意在於拚民調數據，只要超過五成民眾支持有條件開放，美牛爭議就算過關，屆時將盡快退出「美牛戰場」。
黨政人士舉例，行政院在總統府的指示下，召集相關官員研擬美牛議題的「Ｑ＆Ａ」，結果被馬的核心幕僚「打槍退回」，認為太過冗長，不符文宣規格，可見府方主導美牛議題的程度。
黨政人士說，國民黨鎖定民進黨過去與現在的立場差異，也是出自府方高層的「操刀」。