十一日追悼會是由日本政府主辦，司儀只對內閣官員或外國使節團上台獻花一一唱名，捐款最多的台灣因沒有邦交，而被安排坐在二樓的一般席，獻花時也沒有被唱名，引發許多日本民眾不滿，網路上也有很多網友留言，批評日本政府的作法太對不起台灣。
最大在野黨自民黨籍的參議員世耕弘成，在預算委員會質詢時表示，台灣在東日本大地震中捐款超過兩百億日圓，是全世界捐款最多的國家，但出席追悼會的台灣代表並未被安排在駐日使節團席，或其他的特別席位，而是坐在二樓的企業團體相關席位，也未被安排上台獻花，「日本實在很失禮」。對此，野田表示歉意，表示「真的是很失禮，應該深切反省」。
世耕在預算委員會質詢時表示，邀請各國大使或國際組織代表時，是否邀請台灣代表？先答詢的內閣官房長官藤村修說，他認為台灣代表並未出席，世耕馬上反駁：「你錯了，昨天台灣經濟文化代表處副代表出席了，但被安排坐在二樓，與一般日本企業和團體坐在一起，在指名獻花時，沒被叫到。」
世耕批評日本對台灣的作法「太失禮了」，藤村則答說，針對國與國的關係，大使會被指名獻花 ，「但台灣是經濟文化機關」，日本政府的立場是根據一九七二年日中聯合聲明，與台灣是非政府間的事務關係。
駐日代表處副代表羅坤燦代表馮寄台代表，出席十一日舉行的追悼會。羅坤燦表示，雖然未被安排獻花，「但這不影響台灣人民對震災犧牲者的哀悼之意，台灣支援日本的心意也不會改變」。