李建南納入台大醫院、林口長庚醫院及中國醫藥大學附設醫院共198名在2009年10月至2010年2月接種國產H1N1疫苗的孕婦，以同期間未接種疫苗的同年齡孕婦198人為對照組，追蹤兩組孕婦各生下的198個寶寶，研究疫苗對孕婦及胎兒的安全性。
結果顯示，疫苗組孕婦有17人、出生8週內新生兒有72人身體不適；未接種疫苗則有孕婦40人、新生兒101人有身體不適，兩組並沒有統計學上的顯著差異。研究中身體不適狀況，包括咳嗽、喉嚨痛、發燒、注射部位疼痛、肌肉痠痛、肺炎等。
於2009年H1N1新型流感大流行之際，對於孕婦是否應該施打疫苗曾引發爭議。李建南研究認為，懷孕期間施打國產H1N1疫苗，對於孕婦及其胎兒皆為安全無虞。
這篇研究已於今年2月被知名醫學期刊「疫苗(Vaccine)」接受，完整研究文章內容已先登載於線上電子期刊。