陳保基說，農委會是行政單位，可以做的範圍是去瞭解是否有執行上的延誤疏失，也就是須瞭解是否依法行政；因此將審視防檢局所召開的會議，有關判定高或低病原疫情的幾次會議內容。
3月3日防檢局召開臨時記者會公布，去（100）年12月27日由「不能戳的秘密」導演李惠仁寄送檢體通報的彰化芳苑蛋雞場禽流感案例為高病原時，3月3日公布當時陳保基已上任。
對照1月10日前防檢局長許天來任內，通報世界動物衛生組織（OIE）彰化芳苑疫情為低病原；之後第二次（3月3日）通報為高病原，此一過程引發爭議。
就此，專業領域也在禽類的陳保基明確表示，他決定宣布為高病原，是因為2月1日、3月1日的兩次專家會議（前農委會主委陳武雄2月6日卸任），都判定是高病原，據此宣布為高病原；至於疫情判定是否有疏失，需10天時間做審視，才能確認。