外界質疑隱匿疫情，陳保基堅持，所有採樣完全依民國九十二年公布的「高病原性家禽流行性感冒檢驗方法」規範，依ＩＶＰＩ、鹼性胺基酸、臨床死亡率三者「綜合判斷」為高病原。但民間團體提出世界衛生組織標準是「三擇一」。
防檢局副局長黃國青指出，鑑於外界質疑判定疫情的程序冗長、拖太久，未來擬更改高病原禽流感判定程序，只要淡水家畜衛生試驗所召開專家會議、判定為高病原，防檢局將直接處理後續撲殺等程序，不做行政干預，明確分工。
不過，淡水家畜衛生試驗所長黃金城表示，現在全台唯一可做ＩＶＰＩ的實驗室只有該所，一次只能做兩組案子，若未來禽流感大量流行，恐怕難以招架。為預防禽流感將來大流行，防檢局初步規畫一套標準。黃國青表示，預計三月底開專家會議，重新擬定判別高病原的標準及程序。