擁有32年歷史的蓮車站因近出站人數逐年成長，一到假日東部幹線更是一票難求，蓮政府將投入7億來改善車站之擴建規劃，大廳空間會比現在大約6倍，另外，也會一併配合東部幹線的電氣化進行動工，未來民眾進出站模式會像機場一樣，採分流方式進出，這將是台灣鐵路一大改革。
台鐵蓮車站每天約有1萬2000旅客進出，不過空間狹小，常讓觀光客及民眾擠成一團；政府表示，大廳空間現僅有660平方公尺，改善完成後可達成3720平方公尺，足足大了將近6倍，可以大大解除民眾對於現行空間不足的困擾。
鐵工局表示，蓮站將耗資7億元改建，7月會發包動工，預計2014年完成；新車站並仿效機場出入關分流的概念，從2樓進入購票及搭車，下車則從1樓出月台，另外車站內也將增加販賣當地名產的商店、自行車的租用與旅客服客中心等設施，大大提升車站的便利性。
交通部鐵路改建工程局副局長周永暉表示，這次東部幹線共有十四處車站改建成電氣化，而蓮站會在2014年一併完工，關山站則會在年底先行完工，剩下的12個車站也都會於後年底陸續開通。
周永暉指出，2014年蓮火車站改建完成開通後，將減少旅客近出站時發生的碰撞及危險，另外也會增設購物商場、餐廳與自行車補給站等便民的服務。對於新蓮車站採以機場方式分流進出，他說:「這是國內鐵路車站的創舉」！