許天來擔任局長以前，農委會對高病原原本的認定模式，即「HAO切割位鹼性胺基酸」出現4個以上、「靜脈內接種致病性指數（IVPI）值」＞1.2兩個條件都符合，即確認為高病原。
近2年，許天來任職期間，新增臨床死亡率大於正常值0.05%到0.075%連續3天以上，必須前述3條件都符合，才判定高病原。
但是不論是專家、動保團體、「不能戳的秘密」導演李惠仁等都說，外界所稱世界動物衛生組織（OIE）的認定要件是，自2009年起，只要實驗室所做實驗死亡率高於75%、IVPI大於1.2，以及出現4個HAO切割位鹼性胺基酸，其一符合，即要判定高病原不同。
他們呼籲，農委會回歸OIE的高病原認定標準。
李惠仁指出，歐盟是先做IVPI值，因為此值最穩定，還能推算出實驗室所做試驗的死亡率；且此兩值都未達高病原標準時，還會再做HAO切割位鹼性胺基酸是否達4個以上；理由是要對低病原的認定從嚴，不希望漏掉高病原案例未通報。
他說，反之農委會防檢局先做HAO切割位鹼性胺基酸是否達4個以上，再做IVPI值，則是因為前者時間短，2天結果就出來，才再做費時10天的IVPI值；但此做法，兩者要同時符合，是對高病原認定從嚴，反而是比較不想認定高病原案例，與歐盟控管疫情態度不同。
台灣動物社會研究會執行長朱增宏與李惠仁都強調，台灣既然是OIE會員，通報疫情就應該依照組織規範，此高病原定義是OIE規定的，不是民間團體說的，因此呼籲農委會回歸OIE規範，與國際接軌。
農委會主委陳保基說，會進行檢討，但沒法承諾會改，或者不會改。