台灣動物社會研究會及「不能戳的秘密」紀錄片導演李惠仁都質疑農委會擅自在「HAO切割位鹼性胺基酸」及「靜脈內接種致病性指數（IVPI）值」兩個高病原定義要件之外，增加高死亡率作為要件之三，因此將高病原判讀成低病原或高病原潛勢，涉嫌隱匿疫情。
陳武雄表示，就外界質疑在他任內，農委會隱匿疫情，他有四點聲明。
首先，絕對不會隱匿疫情，外界質疑此事的重點是雙方對於高病原疫情認定的定義不一樣，農委會的定義就是要「高死亡率」及「高傳染率」，也曾有案例出現5到7個鹼性胺基酸，但最終沒有認定為高病原。
其次，他信任參與疫情認定的獸醫與日前請辭獲准的防檢局長許天來的專業，許天來看了10幾年的疫情文獻，也深諳世界動物衛生組織（OIE）的規範。
再者，絕對沒有選舉考量，因為若是高病原報成低病原或隱匿，結果只會更糟；若要隱匿，過去沒發病的豬隻口蹄疫情案例，農委會又何必向OIE通報？
第四點，因為過去發生過的案例，都不是高病原，所以依照「動物傳染病防治條例」處理時，並不需要往上呈報行政院，因此吳敦義並不知情，「我負完全責任」。
對於質疑聲浪還包含，依農委會增訂高死亡率才算高病原的案例，也需判定為高病原才要進行撲殺，為何被農委會認定為高病原潛勢、但仍是非高病原的案例，農委會仍進行撲殺處理？
陳武雄補充，這是因為他也問過會內專家，高病原潛勢何以會低死亡率？專家告知他，因為有抗體了；後來他（陳武雄）於2011年1月5日主持會議，做成決議，仍要對高病原潛勢進行撲殺；並於同年2月10日公布此新制；可見農委會一直是用積極態度處理疫情。
對於台灣動物社會研究會今天提出1983年美國賓州出現過低病原，但死亡率高達9成，以及義大利及墨西哥也有過低病原高死亡率案情發生，所以OIE自1992年就不採納臨床死亡率作為高病原認定。陳武雄說，他相信農委會專家對這些資料，都已綜合判斷過。