農委會這次是否竄改病毒檢測報告、隱匿疫情，有待監察院及台北地檢署調查，外界不宜再人云亦云，營造全民公審的氛氛「未審先判」。但農委會不能以全案進入司法程序為由，就龜縮在偵察不公開的保護傘下，不思檢討。
就已公開資訊，農委會對南市土雞場採防疫措施明快果斷。二月七日接獲屠宰場通報可疑案例，馬上查到上游養雞場並限制移動管制，防堵病毒擴散。且採預防性全場撲殺，再邀集學者專家確診為高病原性禽流感。
整個過程看似無瑕疵，卻有異於尋常之處。那就是，農委會過去檢測發現家禽養殖場受到H5N2低病原性禽流感病毒感染時，會在第一時間主動發布新聞稿。唯獨這起連防檢局都強烈懷疑可能是高病原性禽流感的案例，即使已採取全場撲殺，還是未主動對外公布。直至三月三日才連同彰化縣芳苑鄉蛋雞場確診案例一起公布，農委會延宕近一個月才揭露，原因何在，應該講清楚說明白。
芳苑鄉蛋雞場的問題就更複雜。去年十二月廿七日之後，就發生高病原性或低病原性的爭議。延宕到今年二月一日再邀請者專家討論，當時已有學者專家主張應依基因型鑑定結果，應宣告為高病原性禽流感，但農委會還是決定依臨床症狀，雞隻未出現大量異常死亡，維持為低病原性禽流感列管。直至三月二日第二次召開專家會議，推翻原先認定，改列高病原性禽流感，隔天馬上全場撲殺，前後拖延超過二個月。
疫情判定涉及民眾財產權益，農委會講求科學證據雖無可厚非，卻忘了防疫視同作戰，必須快準狠。農委會至今無法說明，二次專家會議到底多出哪些科學證據，因而決定依高病原性禽流感全場撲殺，難怪各界質疑，農委會若真的沒有隱匿疫情，那就是判斷疫情的能力太差了。