外界質疑，彰化案自發現後一直拖到3月才撲殺，但對台南案卻快速撲殺，是否彰化案處理有所延誤？防檢局澄清，因為彰化與台南兩案現場情形有所差異，台南案臨床有出現高死亡現象，因而立即採取撲殺，但彰化場雞隻進食、產蛋正常，死亡率也低，顯示疫情無擴散之虞。
防檢局表示，為求慎重，尋求更周延的科學證據及程序供綜合判斷，因此花費較長的時間。
王政騰表示，對於造成社會不安，農委會願表達歉意，並主動將全案移送監察院，及將防檢局長許天來先調非主管職務，農委會之後仍將以最嚴謹態度與規格執行禽流感防疫工作。
此外，王政騰表示，目前國內有低病原禽流感，影響鴨肉及部分加工蛋品外銷，此次疫情雖然會對產業有影響，但按照國際規範，只要3個月內再無病例發生，就可以向世界動物衛生組織申請解除疫區，恢復禽肉與蛋品的產銷，這段期間，政府也會協助產業界共同因應，提升競爭力，當前最重要的是作好防疫。