吳沐仁說，山里隧道位處海岸山脈及中央山脈弧陸碰撞縫合帶，地質屬礫石岩，膠結度不均、多裂隙參雜，容易儲水形成地下溶洞或水袋，隧道常因滲水導致抽坍，造成開挖施工受阻。
吳沐仁形容在山里隧道施工形同帶兵打仗，如要打勝仗，兵法需靈活，各種武器與彈藥也要準備充分並唾手可得；依照彈藥庫理論，打仗時彈藥庫帶在部隊旁，可隨時補給；對應到隧道施工，就是在施工時要有充足工項與補助工法來因應不穩定的地質情形。
吳沐仁舉例，近灌遠排灌漿，管冪支撐等，都是因應地質不穩的補助工法；另外為積極趕工，也借用卑南溪高灘地施作鋼便橋做為便道進入開挖，使原來僅有的南北兩處開挖面，藉由便道的開闢增加為6處，大幅提升趕工能量；不過，隧道開工初期連續遭遇6次颱風、豪雨，便道多次沖毀流失，也讓施工人員苦不堪言。
花東鐵路電氣化工程共有4個隧道，最長的山里隧道全長5300公尺，原本預計3月中貫通，經施工團隊努力，提前在今天貫通。
山里隧道工程還有一項較特別的部分，就是所有重型施工機械都以440伏特電力做為動力，使得隧道內不會因為使用柴油機具而使空氣混濁；鐵工局長許俊逸表示，山里隧道在施工時可以穿白襯衫進去參觀，出隧道時襯衫的領口也不會有黑黑的汙漬。