據了解，民進黨廉政會曾在二○○九年討論由台北市黨部移送吳乃仁與洪奇昌涉及背信案，當時廉政會決議不予處分，原因是此案發生於二○○二年，廉政會是在二○○六年成立，基於不溯及既往原則，因此作成不予處分的決議。
民進黨發言人林俊憲表示，目前情勢有變化，出現一審判決的變數，因此由廉政會重新了解此案。
林俊憲表示，民進黨對此案的判決予以尊重。當事人依上訴途徑尋求相關權益維護與救濟的權利，也應予以確保。此案是否涉及違反黨紀，依黨內相關規定處理。
民進黨廉政條例明定，一審法院判決有罪者，可予以停權處分，二審法院判決有罪者，可除名處分；不過，經廉政會四分之三決議者，不在此限。換句話說，若廉政會認為有涉及司法不公等因素，可經該會四分之三的決議，不予停權、除名等黨紀處分。