美國疾病管制中心（CDC）在瓜地馬拉的研究人員2009到10年期間，抓了316隻活的黃肩蝠（little yellow-shouldered bat），主要為了研究狂犬病，但是也檢驗其他病菌，因此意外在其中3隻蝙蝠的腸道中發現A型流感新型病毒株。
5年前曾有俄羅斯病毒學家宣稱在蝙蝠身上發現流感病毒，但未提出充足證據，而這份27日於美國國家科學院院刊（PNAS）發表的報告是首度有完整紀錄。
CDC「病原體發現計畫」負責人Suxiang Tong說，「這是首次在蝙蝠身上發現流感病毒，但是以病毒目前的型態，並不構成人類健康問題」，這份研究也顯示，還有新的動物可能成為流感病毒傳染源。研究報告共同執筆人、CDC流感部門科學家杜尼斯說，「幸運的是，初步實驗室試驗認為，新病毒尚需顯著變化，才能輕易在人際間傳染。」
科學家懷疑，幾世紀前有些蝙蝠感染過流感，病毒在蝙蝠身上突變成今日所見新變種。儘管科學家仍無法培養出這個新病毒，但它仍可能威脅人類，例如，若與其他較普遍的流感病毒株混合、交換基因，就可能突變成更具危險性，出現如電影「全境擴散」中所描述，流感疫情在全球蔓延的情況。
中南美洲原生的黃肩蝙蝠，吃水果和昆蟲，目前所知不會咬人，不過牠們有可能將病毒留在果物上，人類吃下就可能感染。杜尼斯說，過去有人感染過這種病毒，也不是不可能，現在將試圖在其他蝙蝠、動物和人類身上尋找是否也有這種病毒。
密西根州立大學禽鳥疾病研究員富爾頓認為，嚴格來說，CDC發現的是病毒的基因物質片段，還需要更多研究，包括讓其他健康蝙蝠感染這種病毒，才能確認確實發現新流感病毒。