馮寄台向本報記者指出，馬總統執政後經過這三、四年的轉變，台日外交關係已步入正軌，現在台日互動是制度對制度的關係，而非迷信人與人的關係，辦外交不一定要懂當地的語言，他剛到日本時也沒有人脈。
馮寄台表示，他是在總統大選後向馬總統提出退休申請，駐日這三年半來，總統交辦的任務已經完成，單身到東京赴任的他，也想回台北陪陪家人了。
台日國會議員聯誼會會長、立委李鴻鈞在受訪時表示，現在台日關係可說是最好的時期，馮寄台從不懂日本到融入日本，而目前正是最容易投入駐日代表工作的時候。現在申請退休對國家來講並不是個適當的時機。熟悉台日外交事務關係人士表示，聽說這位常務次長熟悉亞太關係，應該對日本事務也很熟悉。語言不是主要的問題，如果是優秀人才的話，日本應該會表示歡迎。