立法院去年底前通過「國營港務公司設置條例」及「商港法修正案」，行政院並核定「台灣港務公司」與「航港局」今年3月1日掛牌成立，這是中華民國商港發展的重大改革，台灣4個國際商港由各自港務局經營的型態將被打破，港務公司主導港埠經營與管理，涉及公權力的事項由航港局負責，實現「政企分離」現代化航港體制。
交通部長毛治國說，港務局是公務機關，在港埠經營上受限於行政體制及法令束縛，缺乏企業化經營彈性及市場即時應變能力；同時，各港務局各自獨立，容易以本位角度思考經營發展策略，造成各港資源整合困難，經營政策分歧，無法充分發揮國家港埠整體競爭力。
毛治國指出，國際港埠發展趨勢已由「據點式」朝向「港群式」，台灣港務公司成立後，將以企業化方式統合高雄港、台中港、基隆港與花蓮港4個國際港及其附屬港的經營管理，各港必須相互截長補短，發揮「對內協調分工，對外統合競爭」綜效。
高雄海洋科技大學航管系副教授戴輝煌肯定航體制改革對台灣港口的競爭力絕對有加分作用；不過，他認為，國營型態的港務公司畢竟還是要受到監督，未來應走向民營化。
台北城市科技大學教授吳榮貴相信，港務公司因無公務機關人事、會計的束縛，在招商上會更靈活。
中華海運研究協會秘書長包嘉源說，他樂見航港體制終於能趕上世界潮流，因港務局改為公司後，就要自負盈虧，港口為了多賺錢，一定會想辦法以更高的服務品質及優惠費率吸引航商。
毛治國比喻，現在4個國際港是單獨的筷子，3月1日起，希望把筷子集合起來變成一束，發揮更大的力量。
台灣港務公司首任董事長由高雄港務局長蕭丁訓接任，他表示，港務公司將來就是要專心做生意，他認為高雄港航線多，應定位為轉運港Hub Port，基隆港同時擁有國內航線和國外航線，國外航線最遠到中南美洲、南非及地中海東邊，可定位為區域港Regional Port，台中港為集貨港Feeder Port，花蓮港則發展觀光。
蕭丁訓認為，現代化港口應具有進出口貨、轉口貨、物流與自由貿易港區功能，台灣產業環境改變，港口貨量提升無法再仰賴進出口貨，未來港口貨量要增加，要發展轉口，另隨著船舶大型化，港口也必須深水化，至於價值部分，就是以自由貿易港區來提升。
蕭丁訓已與大陸太倉、虎門、泉州等港口接洽；他希望將大陸二線港口到歐美的貨拉到台灣來再轉運；同時考慮到東南亞投資深水碼頭，將東南亞的貨品直接回台灣再加工出口。
在發展自由貿易港區方面，交通部將全力推動委外加工，蕭丁訓進一步說明，可將港口視為蛋黃，蛋白就是加工出口區、科學園區、保稅區、課稅區，利用委外加工制度將兩者聯結，就可提升貨物及港口價值。
蕭丁訓認為，台灣國際商港面對愈來愈多的國際競爭，需要新的核心能力，航港體制改革擺脫束縛，未來還勢必藉由自由貿易港區功能尋找新的核心競爭力，營運效能才能超越競爭對手，並保持優勢。