郝柏村以申請補償的二二八受難者人數不及一千人，質疑官方所謂受難者逾萬人的說法有誤，引發輿論抨擊。呂芳上表示，確實有部分人與郝柏村持相同看法，但以申請補償人數來推論受難人數，必須提出根據，否則難以代表歷史真相。
呂芳上說，行政院提出的二二八研究報告，係以人口學方法來計算受難人數；雖然也是推測數字，但受到學界普遍接受。他表示，除非有新的史料或證據出現，推算出更精確的受難人數，否則研究報告的數據就是政府的官方認定。
對於二二八六十五周年前夕，社會再就受難人數及族群背景引發爭論，呂芳上感嘆，二二八事件仍是一起「有生命的政治事件」，不同立場的詮釋各執一詞，都含有過度濃厚的政治意味，甚至與統獨、本省外省等問題糾葛，讓此事持續發生政治影響力。
呂芳上表示，雖然近年來朝野共同努力化解對立情緒，二二八已不再是衝突焦點，但只要此事未有明確歷史定位，政治爭議依舊存在。他認為，雖然還需要長時間的努力，但相信唯有充分發掘二二八史料，透過不同的學術研究，追求二二八歷史真相，才能讓二二八成為「歷史事件」，不再因政治紛擾而糢糊其意義。
呂芳上認為，二二八直接因素是政府來台引發的政治衝突，在戒嚴時代，此事是政府高壓統治下「刻意遺忘」的事件；但在解嚴後，政府努力全面坦白並進行真相研究，二二八事件已是社會的共同記憶，是決定台灣社會歷史走向的重大事件，政府與民間更應該合作進行研究。
呂芳上也對二二八紀念基金會寄予厚望，認為在朝野及受難者家屬的共同努力下，基金會可以發揮鼓勵學術研究，以及教育社會的功能，可多管齊下地推動口述歷史、檔案徵集、文獻調查，以及提供教育素材等，藉由學術研究還給二二八及受難者真正的歷史公道。