民國99年4月起，健保費率從4.55%調高到5.17%，收支短絀的赤字，從當年度的新台幣650億元，縮減至100年底的60億元左右。中央健保局副局長黃三桂說，這1年多來，「帳面從來沒有變藍字」。
黃三桂解釋，調高後的費率是「2年平衡費率」，就是撐2年，目的是爭取時間修改全民健康保險法，為二代健保鋪路。如今2年將屆期，健保局會「努力」維持財務穩定，直到二代健保上路。
在現行健保制度下，最壞的情況是今年底的健保赤字將近200億元；如果二代健保7月上路，衛生署全民健保小組先前樂觀預估，實施第1年可以增加200億元的保費收入，而且健保費率可以維持5年不變。
健保小組是依據3、4年前的20萬人財稅抽樣資料，假設二代健保的基本保費費率4.91%、補充保費費率2%，估算出二代健保實施後，83%民眾保費負擔會減輕，對只有薪資收入的上班族最有利；至於包租婆、炒股大戶、兼差外快多的民眾，會被扣繳補充保費。
在二代健保架構下，健保費分兩塊，一塊是基本保費，與現制健保相同，以薪資計算；另一塊是補充保費，來源是高額獎金、股利所得、租金收入、執行業務收入、利息所得、兼職所得6大類所得。
然而，哪些所得會被歸入6大類所得，民眾霧煞煞。舉例來說，房仲業、直銷業的從業人員自行在鄉鎮區公所以第6類保險人身分參加健保，獲得房仲業主發放的佣金，究竟屬於薪資所得或高額獎金，這是健保局說明會常接到的民眾疑問。
這牽涉到二代健保的配套子法，包括全民健康保險法施行細則、補充保費扣繳辦法等。健保小組副召集人曲同光指出，待各界討論取得共識，將可明確公告應扣繳補充保費的所得細目，以及扣繳方式。
不過，高額獎金等補充保費來源，與經濟景氣波動息息相關，為健保財務穩定性投下不確定的變數，前衛生署長楊志良認為，只要政府稅改做得好，讓課稅所得接近真實所得，健保局收得到保費，健保制度才能可長可久。1010227