為了節省民眾入出境通關的時間，內政部入出國移民署自去年8月起開辦「自動查驗通關系統」，截至去年底止，已經有17萬民眾申請，每天約有5,000人使用通關。
不過，健保局近來接獲民眾反映，因為透過「自動查驗通關系統」入出國門，事後要申請健保海外緊急傷病自墊醫療費用核退時，因為護照上沒有入出國查驗章，而遇上無法提供證明的困境。健保局醫務管理組科長林寶鳳說：『(原音)依照我們核退的辦法，要申請境外核退，必須要舉證證明事故發生的當時是在境外，一般民眾就會拿護照上的入出境的戳章來證明。因為現在內政部入出國移民署有自動通關系統的改變後，就變成要被動要求在櫃檯補蓋。』
根據健保局統計，台灣每年約有12萬人次申請高達新台幣15億元的自墊醫療費用核退。林寶鳳建議民眾，在入出境「當日」前往移民署「查驗公務櫃檯」要求人工補蓋當次入出國的查驗章，避免事後補正費時又花錢。
移民署也表示，為了減少民眾的不便，今年年中將推出新的系統，民眾只要上網就可列印自己的入出境紀錄，省去蓋章的麻煩。