台灣現有基隆、台中、高雄及花蓮4個國際港口，都由各港務局管轄，同時負責監理與營運，各做各的生意，有時還彼此搶生意，從台灣整體對外競爭來看，等於力量分散，且屬於機關型態的港務局，在港口營運上不免綁手綁腳。
3月1日起，新成立的航港局負責港口監理，港口營運則由港務公司負責，這是台灣航港體制的一大突破。
台北城市科技大學商管學院院長吳榮貴說，港務公司成立後，港口經營可不受政府相關公務員任用法規規定，擺脫行政機關束縛，將可引進專業人士，連港口土地開發，也不受土地稅法的限制，而能較開放以公司角度來處理，港口有更大發展空間，包括日本、韓國、中國、新加坡的港口，都已走向公司型態。
海洋大學航管系教授林光說，航港體制改革對港口經營絕對是加分，未來有關涉及公權力的航政事務，例如證照發放、航線申請，港口疏濬及建設等，交由負責行政與監督的航港局負責，港務公司可以專心做生意、招商，港口的營運會更靈活。
高雄港務局長蕭丁訓即將接任港務公司董事長，他在4個國際港都曾任職過，對於港口未來營運策略上，可依各港的特色去發展，善用及把握各港的優勢與機會；例如，基隆港擁有完善的客運設施與經營經驗，未來可以發展兩岸渡輪及國際郵輪業務；台中港因幅員廣闊，還有許多土地可以提供產業發展汽車物流、加工製造等業務；花蓮港因有好山好水，適合發展海洋觀光及休閒產業。
至於高雄港，應作為亞太地區的樞紐港，加速洲際貨櫃港二期及南星計劃的推動，讓高雄港能夠「做大、做強」，吸引更多東南亞、東北亞貨物來台灣轉運。
蕭丁訓說，港務公司除了與現有業者及產業供應鏈合作外，還將與世界各地，尤其是大陸、東南亞、東北亞的船方、貨方、保稅港區持續合作，展開策略聯盟，一方面可以「優化」台灣與世界各地間的運輸物流體系，另一方面可以將台灣港口作為核心，延伸經濟腹地到大陸、東南亞、東北亞等地，擴大港務股經營與服務的廣度與深度。