陳保基對於台灣農業發展模式50年來處於渟滯狀態感觸良多。他一再重申，核心價值就是要讓農地發揮最大效益。
陳保基回憶，台灣農業除了保價收購，約22萬公頃的休耕地還要休耕補助，「這都要錢啊！」在這過程裡，資源、生產跟農地已從民國73年起拉扯至今，快要30年了；問題是，社會變遷那麼快，應該要坐下來檢討了，而休耕地活化只是一個手段，要幫助有心的年輕人導入農業。
他說，方法就是持續推動小地主大佃農，希望透過宣導跟溝通，讓已領每公頃每期作新台幣4.5萬元的小地主願意減收大佃農地租，增加誘因；也可參考美國作法，減地租、貸款免息；或者再併入台灣最強的科技，提供產銷即時訊息給年輕農民，強化農地與農作物的效益、價值。
為防公務單位的運作易受法規限制。他還說，已跟同仁說過，只要大目標確定，他不希望聽到於法無據或衝突的話；因為農委會是最高農政單位，應該要去排除障礙，不能說得很好，卻什麼都不能做。
例如他當年為台灣口蹄疫情完成撲殺後，執行離牧政策，雖有97億元的資金，但也是因為他針對所有法令上有疑義的問題，與法規會合力訂定100多條說明與辦法，才能推動；所以只要農委會訂好辦法，他相信地方就會順應規劃好的規範落實、提振農業。
不過台灣多年來同時存在特定農業區的良田被徵地紛爭，多達10幾案，引發農民三上凱道催促修土地徵收條例，卻在未經立法院委員會公開討論下逕付二讀，結果未處理公益性認定的機制訂定，只處理徵收價格問題，卻也未納入由估價師估價。
陳保基承諾，他會盡職責保護農地，一定會跟內政部談作法，因為農地對糧食危機而言很重要；就他所知，因為都市計畫檢討得知，過去有10年內每年流轉掉3000公頃農地，10年就3萬公頃；最近3年少一點，每年也流轉掉1000多公頃。
他認為，土地流轉在國家發展過程裡是自然過程，有人獲益；但對於具生產力的部份一定要保護，徵地一定要跟農民溝通好；像他家的農田，兄弟姐妹及下一代都沒要務農，就樂意參加小地主大佃農，因為活化後對農業有貢獻。
他強調，他會採開放態度面對農地問題，也認為公益性的鑑定機制必須要改進，他會跟內政部詳細討論，以落實公義國家的目標，也相信他的台大老同事內政部長李鴻源是開明的部長，會先安排幕僚先往溝通，合作強化徵收農地開發案的公益性認定機制。但開放主張修法學者能否參與？他要再做考量。