東吳大學政治系副教授徐永明認為，既然教育部有補助台商學校，用到國家經費就必須符合國家政策，不能放任不管或推說無法監督。他強調，校歌出現「奔向祖國落腳上海」等用語，或不升國旗、不唱國歌、教科書矮化台灣為地方政府，都會影響下一代的國家認同，馬政府積極推動兩岸文化交流，更應把教育納入兩岸協商項目。
學者：校歌應多用中性字眼
台師大名譽教授吳武典表示，兩岸關係敏感，教育脫離不了政治的影響，況且人在屋簷下，不得不低頭，這是難以避免的現實，但他強調，校歌其實有許多寫法，應該多用中性字眼，儘可能回歸教育本質。
另外，吳武典指出，校歌有其時代背景，國內許多學校創校或復校都是在台灣光復後，因此，歌詞中迄今都有「祖國」一詞，例如，台師大校歌就有「台灣山川氣象雄，重歸『祖國』樂融融」，但很明顯指的是中華民國。