機關首長服務手冊分為政策管理、倫理管理、績效管理、風險管理、跨域管理、行政管理等6大部分。
以政策管理為例，又細分願景與施政主軸的建立；施政計畫及重要業務計畫的規劃、執行與行銷；共通性重要政策理念等3面向。
行政院長陳(沖)日前在行政院會中要部會首長規劃政策時加強部會聯繫，手冊中也特別強調跨部門溝通協調，以及與媒體及國會的互動，希望首長決策時，務必與相關部會密切協調，謀定後動。
手冊甚至提到首長宿舍面積及裝潢費用，明訂二級機關首長宿舍室內使用面積，最高以150平方公尺為限；副首長及三級機關簡任第12職等以上首長宿舍最高以115平方公尺為限。一次性裝潢費用每平方公尺不得超過新台幣9000元。
有關請託、受贈財務、飲宴應酬等相關規定，則依公務員廉政倫理規範辦理。