媒體報導指出，調查局不滿廉政署「只辦大案」，將查無貪污證據的案件透過地檢署發交調查局收尾。法務部日前開會決定，未來由承辦檢察官視案件情況，決定交由廉政署或調查局處理。
廉政署表示，廉政署為反貪、防貪及肅貪的專責機關，除積極肅貪外，還透過政風機關做內部稽核，更建立村里廉政平台、廉政志工等工作，宣導反貪、防貪工作與調查局業務無重疊。
廉政署說，自民國100年7月起，廉政署受理貪瀆情資超過3000件，其中2400件分案審查，「並無區分案件大小」，還過濾出357件交由廉政署駐署檢察官追查。針對簽結案件，也會交由廉政審查會審查，提升辦案透明度。
廉政署強調，根據廉政署組織法規定，肅貪人員調查貪瀆或相關犯罪，不涉及貪瀆事證的犯罪，不是廉政署職掌範圍，法務部為釐清各機關職掌內容而召開協調會議，各單位對案件流程已達成共識，絕無「內鬥」問題。1010208